Pada tahun Cosmic Era 0071, koloni luar angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang berkecamuk di seluruh galaksi antara Coordinator, manusia yang sifat biologisnya telah diubah sebelum lahir, dan Naturals, orang-orang yang tidak diubah yang tetap tinggal di planet Bumi. Kebencian mendalam para Naturals terhadap Coordinator mendorong makhluk-makhluk maju ini ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia. Kira Yamato adalah seorang Coordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya menjadi kacau balau saat ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Coordinator pemberontak, menyerang koloni tersebut dalam upaya mencuri lima mobile suit militer canggih yang dikenal sebagai Gundam. Meskipun ZAFT berhasil membawa kabur empat mobile suit, Kira mengambil alih Gundam terakhir, yaitu Strike. Selamat dari pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan kru Archangel, sebuah kapal yang dioperasikan oleh Earth Alliance, dan para prajurit muda ini mengalami kengerian perang serta kehilangan yang menyertainya.
Pertempuran Gundam di luar angkasa itu memang mendebarkan, tapi semoga semua orang bisa berdamai ya, nyaa~ (o´ω`o)ﾉ
