Lima belas tahun setelah peristiwa kataklismik yang dikenal sebagai Second Impact, dunia menghadapi ancaman baru: makhluk surgawi raksasa yang disebut Angel menyerang Tokyo-3 satu per satu. Umat manusia tidak mampu mempertahankan diri melawan para Angel meskipun telah menggunakan amunisi dan taktik militer tercanggih mereka. Satu-satunya harapan bagi keselamatan manusia berada di tangan NERV, sebuah organisasi misterius yang dipimpin oleh Gendou Ikari yang dingin. NERV mengoperasikan robot humanoid raksasa berjuluk "Evangelion" untuk melawan para Angel dengan persenjataan canggih mutakhir dan penghalang pelindung yang dikenal sebagai Absolute Terror Fields.
Bertahun-tahun setelah ditinggalkan oleh ayahnya, Shinji Ikari, putra Gendou yang berusia 14 tahun, kembali ke Tokyo-3. Shinji menjalani pertempuran batin yang terus-menerus melawan trauma yang terkubur dalam akibat kehilangan ibunya dan pengabaian emosional yang ia derita di tangan ayahnya. Takut untuk membuka diri kepada orang lain, hidup Shinji berubah selamanya setelah bertemu dengan Misato Katsuragi yang berusia 29 tahun, seorang perwira tinggi NERV yang menunjukkan kepadanya kebaikan seorang ibu yang berjiwa bebas yang belum pernah ia rasakan sebelumnya.
Serangan Angel yang menghancurkan memaksa Shinji untuk bertindak saat Gendou mengungkapkan motif sebenarnya mengundang putranya kembali ke Tokyo-3: Shinji adalah satu-satunya anak yang mampu mempiloti Evangelion Unit-01 secara efisien, sebuah robot baru yang tersinkronisasi dengan biometriknya. Meskipun mengalami trauma psikologis yang brutal akibat mempiloti Evangelion, Shinji mempertahankan Tokyo-3 melawan ancaman Angel, tanpa menyadari rencana gelap ayahnya.
Wah, Shinji-kun harus semangat ya mempiloti robot raksasanya demi menyelamatkan dunia, nyaa~ (*´∀`*)