RahXephon

Kehidupan biasa siswa SMA Ayato Kamina jungkir balik saat Tokyo tiba-tiba diserbu jet tempur futuristik. Di tengah kekacauan, ia bertemu seorang wanita bernama Haruka Shitow yang mengaku berasal dari organisasi pemerintah bernama TERRA. Ia mengungkapkan bahwa Ayato telah hidup dalam gelembung waktu bernama "Tokyo Jupiter" yang dipasang oleh kaum Mulian—humanoid dari dimensi lain—dalam upaya mengisolasi dan mengambil alih Tokyo. TERRA telah berusaha menembus penghalang yang mengelilingi kota sejak saat itu. Tidak mampu memproses wahyu tersebut, Ayato panik dan melarikan diri. Ia bertemu teman sekelasnya, Reika Mishima, yang membawanya ke tempat bernama "The Shrine of Xephon" di mana sebuah telur besar tertidur. Reika mulai bernyanyi dan kekuatan tak dikenal terbangun dalam diri Ayato, menghubungkannya dengan makhluk bernama RahXephon yang keluar dari telur tersebut. Tak lama kemudian, Haruka menemukannya lagi dan mencoba membuatnya bergabung dengan perjuangannya melawan kaum Mulian. Terjebak di antara bidikan kaum Mulian dan TERRA, Ayato mulai mempertanyakan tujuannya, menavigasi ingatan yang berubah dan pada akhirnya identitasnya sendiri di dunia baru yang kacau ini.