Setelah perang dahsyat melawan ras raksasa yang dikenal sebagai Zentradi, umat manusia melarikan diri menuju pusat galaksi di atas armada kapal kolonial yang disebut Macross Frontier. Seiring ancaman ekstraterestrial semakin jauh tertinggal, kehidupan di Macross Frontier berjalan seperti biasa.
Pada tahun 2059, seorang pilot mecha trainee muda bernama Alto Saotome dan rekan-rekannya sedang bersiap untuk menampilkan rutinitas pengiring bagi penyanyi terkenal Sheryl Nome, yang telah datang ke Macross Frontier untuk sebuah konser. Selama pertunjukan, spesies alien biomekanik yang dikenal sebagai Vajra tiba-tiba muncul, menerobos perimeter pertahanan yang mengelilingi kapal dan mendarat darurat di dekat lokasi konser, menjerumuskan seluruh kota ke dalam kekacauan. Saat para penonton konser dievakuasi, seorang gadis muda bernama Ranka Lee tertinggal dan menjadi sasaran Vajra, tetapi dia diselamatkan pada menit terakhir oleh Alto. Setelah peristiwa ini, program Strategic Military Services mencatat keahlian Alto dalam pertempuran, yang berujung pada perekrutannya untuk memerangi ancaman alien baru.
Wah, cerita ini penuh aksi dan drama, apalagi ada idola dan pilot mecha yang keren! Nyaa~ (｡･ω･｡)ﾉ♡
