Aquarion Evol

12.000 tahun setelah peristiwa di Genesis Aquarion, manusia hidup di bintang Vega di bawah ancaman konstan dari makhluk trans-dimensi yang disebut Abductor. Musuh-musuh ini berasal dari bintang kembar Vega, Altair, dan menyerbu Vega untuk mencari kehidupan manusia. Sebagai tindakan balasan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Neo-DEAVA dibentuk untuk memerangi Abductor. Mereka mengemudikan setelan mecha canggih yang disebut Aquaria dan dipisahkan secara ketat berdasarkan gender. Anak laki-laki dan perempuan tidak diizinkan untuk berhubungan; mereka bahkan dilarang bertarung di medan perang yang sama. Namun, peristiwa berubah secara mengejutkan ketika setelan mecha Abductor canggih bergabung dalam pertempuran. Dua remaja, Mikono dan Amata, terseret ke dalam konflik. Tanpa disadari, Amata melakukan sebuah tabu ketika ia memanggil Aquaria dan memulai apa yang disebut Forbidden Union antara Aquaria laki-laki dan perempuan. Neo-DEAVA terkejut, dan dampak dari tindakan Amata jauh lebih luas dari yang ia sadari. Bagaimana ia bisa memanggil Aquaria? Di mana ia belajar membentuk Forbidden Union? Dan mengapa Mikono juga bisa mengemudikan setelan mecha itu?