Di masa depan yang jauh, umat manusia telah menemukan cara untuk hidup abadi dengan membeli tubuh mekanis, namun harga untuk mencapai keabadian tersebut sangatlah mahal. Tetsurou Hoshino, seorang anak laki-laki miskin, sangat berambisi untuk membeli tiket Galaxy Express 999—kereta yang menjelajahi seluruh alam semesta—karena konon di stasiun terakhirnya, para penumpang bisa mendapatkan tubuh mekanis secara cuma-cuma. Namun, ketika ibu Tetsurou tewas ditembak oleh Count Mecha, seorang hibrida manusia-mesin yang jahat, segala harapannya seakan pupus.
Tetsurou kemudian diselamatkan dari maut oleh Maetel yang misterius, seorang wanita jangkung berambut pirang yang parasnya sangat mirip dengan ibunya. Maetel memberinya tiket Galaxy Express dengan satu syarat: mereka harus melakukan perjalanan bersama. Dengan demikian, Tetsurou memulai pengembaraannya melintasi alam semesta menuju berbagai planet unik dan petualangan yang mendebarkan, demi mewujudkan impian terbesarnya.
Perjalanan luar angkasa Tetsurou dan Maetel ini benar-benar epik dan penuh makna mendalam tentang apa artinya menjadi manusia, nyaa~ (*´∀｀*)
