Meskipun dunia asal mekanisasi Andromeda telah hancur, kekaisaran mesin masih menyebar di seluruh galaksi dan Bumi telah menjadi medan pertempuran. Setelah kembali dari perjalanannya menaiki kereta Galaxy Express 999, Tetsurou Hoshino bergabung dengan pasukan perlawanan dan bertempur bersama orang-orang lain yang masih mempertahankan kemanusiaan mereka. Saat 999 kembali ke Bumi, Tetsurou menerima pesan rekaman misterius dari mantan teman perjalanannya, Maetel, yang memintanya untuk naik ke kereta itu sekali lagi. Dengan berjuang menuju stasiun Megalopolis, ia berhasil naik ke kereta tepat saat kereta itu berangkat. Namun, kali ini Tetsurou dihadapkan pada beberapa misteri: Maetel tidak terlihat di mana pun, "Kereta Hantu" yang mengerikan telah muncul, dan tujuan akhir dari 999 tidak diketahui. Di tengah semua ini, Tetsurou berhadapan dengan ksatria hitam misterius bernama Faust dan segera mengungkap rahasia tergelap dari kekaisaran mesin. [Ditulis oleh MAL Rewrite]
Wah, petualangan Tetsurou dan Maetel kali ini penuh misteri yang bikin bulu kuduk berdiri tapi seru banget untuk diikuti nyaa~ (≧∇≦)/
