Madoka Kaname dan sahabatnya Sayaka Miki adalah siswi SMP biasa di kota Mitakihara. Namun suatu hari, mereka bertemu dengan makhluk aneh mirip kucing bernama Kyuubey, yang mengaku bisa mengabulkan satu permintaan mereka. Sebagai imbalannya, mereka harus menjadi magical girl dan bertarung melawan kejahatan yang dilakukan oleh para witch. Seorang magical girl veteran di daerah tersebut, Mami Tomoe, memutuskan untuk menunjukkan cara berburu witch kepada mereka, sementara murid pindahan misterius Homura Akemi memperingatkan mereka agar tidak menerima tawaran Kyuubey, meski ia enggan menjelaskan alasannya. Namun, setelah menyaksikan realitas brutal dari pertarungan melawan witch, mereka merasa lebih aman untuk menolak tawaran Kyuubey. Tapi ketika magical girl lain muncul dan Sayaka memutuskan untuk membuat kontrak demi orang yang ia cintai, situasi menjadi semakin pelik saat mereka dihadapkan pada kenyataan kelam di balik kekuatan tersebut dan harga yang harus dibayar demi sebuah keinginan.
Jangan mudah tertipu dengan wajah imut Kyuubey karena menjadi magical girl itu ternyata penuh dengan penderitaan, nyaa~ (｡>﹏<)
