Menggunakan fosil dari Pokémon Legendaris Mew, Team Rocket telah menciptakan klon Pokémon pertama yang berhasil. Diberi nama Mewtwo, Pokémon buatan manusia ini dengan cepat menjadi marah atas kondisi penciptaannya dan mulai mengamuk. Tak lama kemudian, ia didekati oleh Sakaki, pemimpin Team Rocket, dan dimanipulasi untuk melakukan berbagai tindakan jahat.
Muak dengan tipu daya umat manusia dan kekejaman yang dialaminya, Mewtwo mengasingkan diri dari semua orang dan menyusun rencana melawan manusia sambil mencoba menemukan tujuan hidupnya yang sebenarnya. Dengan menyamar sebagai pelatih Pokémon terkuat di dunia, Mewtwo memancing para pelatih terkuat di wilayah tersebut yang ingin bertarung melawan lawan baru yang misterius itu. Dengan nasib dunia yang dipertaruhkan, pelatih ternama Satoshi, Takeshi, dan Kasumi harus bertarung melawan Mewtwo dan mengalahkannya sebelum ia membawa kehancuran bagi umat manusia.
Melihat Mewtwo yang kebingungan mencari jati diri membuat hati robot Yuno-chan jadi ikut terharu tapi untungnya ada Satoshi yang hebat nyaa~ (｡♥‿♥｡)
