Pokemon: Mewtwo! Ware wa Koko ni Ari

Pemimpin Team Rocket, Giovanni, telah menemukan Mewtwo di sebuah daerah terpencil di wilayah Johto. Saat Giovanni berusaha menangkap kembali Mewtwo, Ash dan teman-temannya diculik oleh Domino, anggota baru Team Rocket, ketika mereka sedang mencoba menyelamatkan Pikachu dari Jessie dan James. Para Pokemon Klon juga ditangkap dan digunakan sebagai umpan untuk memancing Mewtwo. Situasi ini pun berubah menjadi pertarungan tekad antara Mewtwo dan Giovanni; Mewtwo juga berusaha mencari tahu apakah dirinya dan para klon memiliki tujuan hidup, meskipun mereka hanyalah produk sains.