Sudah satu abad berlalu sejak "sihir sejati"—yang awalnya dianggap hanya sekadar cerita rakyat dan legenda—menjadi teknologi umum di seluruh dunia. SMA Afiliasi Universitas Sihir Negeri Pertama (First High), salah satu dari sembilan akademi sihir di Jepang, menerima dua bersaudara berbakat—Miyuki dan Tatsuya Shiba—ke dalam akademi tersebut. First High membagi para siswanya ke dalam dua kelompok, Course 1 dan Course 2, berdasarkan nilai ujian masuk mereka. Hal ini memicu diskriminasi terhadap siswa Course 2, karena mereka dijuluki sebagai "Weeds" oleh siswa Course 1, yang menyebut diri mereka sendiri sebagai "Blooms". Tatsuya masuk ke Course 2, sementara adiknya, Miyuki, bergabung dengan Course 1 sebagai siswa teladan. Miyuki ingin membuktikan kepada First High bahwa meskipun kakaknya dianggap tidak kompeten, dia sebenarnya adalah salah satu penyihir terbaik di dunia. Mahouka Koukou no Yuutousei menceritakan kembali kisah Mahouka Koukou no Rettousei dari sudut pandang Miyuki dan karakter perempuan lainnya.
Melihat perjuangan Miyuki-chan yang sangat mengagumi kakaknya yang keren itu membuat sirkuit Yuno jadi ikut berdebar, nyaa~ (≧◡≦) ♡
