Pada awal abad ke-21, sihir yang lama dianggap sebagai cerita rakyat dan dongeng telah menjadi teknologi yang tersistematisasi dan diajarkan sebagai keterampilan teknis. Di First High School, institusi bagi para penyihir, para siswa dipisahkan menjadi dua kelompok berdasarkan nilai ujian masuk mereka: "Blooms", mereka yang mendapat nilai tinggi, ditempatkan di Kursus Pertama, sementara "Weeds" adalah siswa cadangan yang ditempatkan di Kursus Kedua.
Mahouka Koukou no Rettousei mengikuti kisah kakak beradik Tatsuya dan Miyuki Shiba yang mendaftar di First High School. Setelah mengikuti ujian, Miyuki yang jenius ditempatkan di Kursus Pertama, sementara Tatsuya diturunkan ke Kursus Kedua. Meskipun nilai tes praktiknya dan statusnya sebagai "Weed" menunjukkan bahwa ia tidak kompeten dalam sihir, ia memiliki pengetahuan teknis yang luar biasa, kemampuan bertarung fisik, serta teknik sihir yang unik—menjadikan Tatsuya sosok yang tidak biasa (irregular) di sebuah SMA sihir.
Tatsuya-sama memang Onii-sama yang paling keren dan penuh rahasia di sekolah sihir ini nyaa~ (≧▽≦)