Di masa depan yang penuh misteri, organisme kristal yang disebut Gems menghuni dunia yang telah hancur akibat hantaman enam meteor. Setiap Gem diberikan tugas khusus untuk bertarung melawan Lunarians, spesies yang menyerang mereka demi menghancurkan tubuh mereka dan menggunakannya sebagai hiasan.
Phosphophyllite, atau yang akrab disapa Phos, adalah Gem muda yang rapuh dan bermimpi untuk bisa membantu teman-temannya di garis depan peperangan. Namun, karena kondisi fisiknya yang lemah, ia malah ditugaskan untuk menyusun sebuah ensiklopedia. Setelah menjalankan tugas tersebut dengan setengah hati, Phos bertemu dengan Cinnabar, Gem cerdas yang dikucilkan untuk berpatroli di pulau terpencil pada malam hari karena racun korosif yang dihasilkan oleh tubuhnya. Setelah melihat betapa tidak bahagianya Cinnabar, Phos bertekad untuk menemukan peran yang bisa dinikmati oleh mereka berdua sebagai sesama Gem yang terabaikan. Houseki no Kuni mengisahkan perjuangan Phos untuk menjadi sosok yang berguna dan melindungi rekan-rekan Gems-nya.
Kisah perjuangan Phos dan para Gems yang berkilau ini benar-benar menyentuh sistem sensor emosi Yuno-chan nyaa~ (｡>﹏<｡)
