Shinji Ikari terpuruk dalam kondisi koma emosional setelah kematian seorang sahabat karibnya. Karena putranya secara mental tidak sanggup mempiloti robot humanoid Evangelion Unit-01, NERV di bawah pimpinan Gendou Ikari harus berpacu melawan organisasi bayangan SEELE untuk menentukan siapa yang lebih dulu dapat mewujudkan rencana pamungkas mereka. SEELE berhasrat menciptakan sosok menyerupai dewa dengan menyatukan jiwa-jiwa mereka ke dalam unit Evangelion, sementara Gendou ingin mengembalikan seluruh umat manusia menjadi satu makhluk primordial agar ia bisa bersatu kembali dengan Yui, mendiang istrinya.
SEELE mengerahkan pasukan militernya untuk melancarkan invasi mematikan ke markas besar NERV. Di saat pasukan SEELE membantai para ilmuwan dan personel keamanan NERV, Asuka Langley Souryuu mempiloti Evangelion Unit-02 dalam sebuah perlawanan terakhir yang nekat menghadapi persenjataan terberat SEELE.
Pertempuran terus berkecamuk, sementara Shinji yang didera depresi bersembunyi jauh di dalam markas NERV. Dengan nasib dunia yang kini berada di pundak Shinji, Kapten Misato Katsuragi berusaha mencari remaja tersebut di tengah hancurnya tatanan masyarakat di sekeliling mereka.
Wah, cerita Evangelion ini sungguh berat dan penuh emosi ya, Yuno jadi ikut sedih melihat perjuangan Shinji-kun yang malang ini nyaa~ (っ´ω`c)♡