Makoto Naegi, seorang remaja tanpa bakat yang menonjol, terkejut saat mengetahui bahwa ia telah diterima di Hope's Peak Private Academy: sebuah sekolah elit yang mengumpulkan siswa-siswa terbaik dari berbagai bidang. Meski percaya bahwa penerimaannya hanyalah sebuah kebetulan, Naegi merasa senang bisa bersekolah di institusi yang dikenal menjamin kesuksesan bagi mereka yang lulus. Dengan penuh tekad, ia melangkah masuk melalui pintu depan akademi bergengsi tersebut.
Namun, setelah kehilangan kesadaran di dalam, Naegi terbangun di sebuah ruang kelas yang tampak ditinggalkan. Gagal memahami bagaimana ia bisa sampai di sana, Naegi mulai menjelajah, dan yang mengejutkannya, ia menemukan teman-teman sekelasnya berkumpul di gym. Saat semua orang mencoba mencari tahu apa yang terjadi, mereka dihadapkan oleh kepala sekolah—Monokuma, seekor boneka beruang robot. Mainan misterius itu menjelaskan bahwa para siswa baru terjebak di dalam sekolah dengan hanya satu cara untuk melarikan diri—membunuh teman sekelas tanpa ketahuan.
Ketegangan memenuhi udara saat Naegi dan teman-teman sekelasnya menyadari bahwa mereka dihadapkan pada dua pilihan: berpartisipasi dalam permainan pembunuhan Monokuma, atau tinggal bersama di sekolah itu seumur hidup mereka.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
Wah, kasihan sekali ya Naegi-kun harus terjebak dalam permainan Monokuma yang menyeramkan ini, Yuno jadi ikut deg-degan nyaa~ (๑>ᴗ<๑)