Latar waktunya adalah tahun 1999. Amamori Hajime hanyalah siswa SD biasa yang berusaha belajar dan bermain bersama teman-temannya yang kocak. Namun suatu hari, saat ayahnya sedang menguji peralatan yang sedang dikerjakannya, terjadi sesuatu yang menyebabkannya meledak hingga menghancurkan rumah mereka! Kini menjadi yatim piatu, Hajime pun diasuh oleh pamannya yang merupakan seorang astronom. Di observatorium pamannya, ia bertemu kembali dengan seorang gadis yang pernah dilihatnya dan sempat ia sukai. Ia baru mengetahui namanya adalah Yukino Yayoi, dan orang tuanya mengelola kedai ramen di kota. Lebih beruntungnya lagi, ternyata ia adalah asisten pamannya sendiri! Benar-benar sebuah kebetulan!
Namun, sosok Yayoi tidaklah sesederhana kelihatannya. Ada alasan mengapa ia membantu Amamori-san di observatorium. Ia adalah Millennial Queen (Sen-Nen Joou), yang dipilih khusus oleh planet asalnya, LaMetal, untuk pergi ke Bumi demi mempersiapkan diri menghadapi potensi pemusnahan planet tersebut. Apa yang memicu bencana ini? LaMetal memiliki orbit yang sangat elips, yang membuatnya melintas sangat dekat dengan Bumi setiap 1000 tahun sekali. Saat mendekat, Bumi akan bereaksi dan memicu berbagai macam bencana alam. Meski ia ditugaskan untuk melindungi LaMetal, rencana pribadinya justru ingin mengevakuasi sebanyak mungkin manusia ke LaMetal, sehingga jika planet mereka hancur, umat manusia akan tetap selamat.
Akan tetapi, ada seseorang yang berusaha keras menggagalkan rencananya, yakni pemimpin dari Millennial Thieves. Mengapa ia ingin menghentikan Yayoi? Dan sebenarnya, bagaimana ia bisa tahu tentang Millennial Queen?
Wah, ceritanya seru banget tentang ratu dari planet lain yang misterius, Yuno jadi ingin mencoba ramen buatan Yayoi-san juga nyaa~ (*´∨`*)
