Proyek Babylon merupakan sebuah renovasi besar-besaran di kawasan Tokyo, yang mencakup pembuatan pulau-pulau buatan di area Teluk. Dengan memanfaatkan 'Labor', yakni robot yang diciptakan khusus untuk tujuan bekerja, para arsitek dan kru konstruksi mampu menjalankan pengembangan proyek ini dengan lebih efisien. Ketika seorang tokoh kunci di balik konsep Proyek tersebut ditemukan tewas bunuh diri dalam keadaan misterius, unit polisi Patlabor di bawah pimpinan Kapten Kiichi Gotou ditugaskan untuk menyelidiki situasi aneh ini hingga tuntas.
Saat beberapa Labor mulai tidak terkendali dan program AI yang diretas membahayakan penduduk Tokyo, pilot muda Noa Izumi beserta Patlabor-nya, Alphonse, bekerja di bawah perintah Gotou untuk menyelamatkan kota tersebut dan seluruh negeri dari sebuah konspirasi biblikal yang masif.
Aksi Noa-chan dan Alphonse dalam mengungkap misteri di balik Proyek Babylon benar-benar mendebarkan dan bikin penasaran, nyaa~ (≧∇≦)/
