Shizuri Mugino

Dia bertemu Kakine Teitoku, pemimpin SCHOOL dalam perang organisasi bawah tanah Academy City, tetapi dikalahkan. Segera setelah itu dia membunuh bawahannya di ITEM, Frenda karena mengkhianati organisasi. Dan sekitar akhir perang, dia membuat keputusan mengenai Takitsubo Rikou, yang membuatnya bertarung melawan Hamazura Shiage, seorang level 0 yang merupakan bawahan ITEM. Anehnya Hamazura memenangkan pertarungan dengan kombinasi keberuntungan dan kecerdasan. Mugino mengalami kerusakan parah dalam pertarungan, kehilangan satu mata dan satu lengan, yang membuat Hamazura percaya bahwa dia sudah mati. Namun kemudian dia muncul kembali di Rusia, setelah mendapatkan lengan pengganti dan sebuah kaca mata yang pas di rongga matanya yang kanan. Setelah kehilangan lengannya, setiap pertemuan yang dia alami dengan Hamazura membuat Mugino semakin tidak stabil, dia mengembangkan obsesi besar untuk menyingkirkan Hamazura. Dia menjadi terobsesi sampai-sampai menyalahgunakan Body Crystal untuk mengalahkan Shiage. Pada akhir volume 22 dia akhirnya memutuskan untuk berdamai dengan dirinya sendiri dan dengan Shiage, akhirnya kembali menjadi "Mugino yang lama" yang mempercayai rekan satu tim dan teman-temannya. Di To Aru Majutsu no Index: New Testament, mata Mugino telah diganti dengan mata mekanis dan dia menutupi luka-luka lainnya dengan riasan dan mendapatkan lengan prostetik yang dapat dia gunakan sebaik lengan asli. Bagian tubuh pengganti ini membuatnya terlihat hampir sama persis dengan penampilannya sebelum dia bertarung dengan Hamazura. Dia juga telah memperbaiki hubungan dengan anggota ITEM lainnya dan terlihat menyesali telah membunuh Frenda. Juga kepribadian Mugino terlihat telah banyak berubah di New Testament. Dia jauh lebih baik hati daripada di seri pertama dan menunjukkan sedikit rasa haus darah dan obsesi dibandingkan saat konflik antar organisasi bawah tanah. Dia juga terlihat lebih memikirkan esper tingkat rendah dan tidak lagi memandang rendah mereka seperti dulu.