Duo.EXE

Sebuah NetNavi alien misterius yang sangat besar yang disinggung di paruh kedua Rockman.EXE Axess dan muncul di musim berikutnya sebagai antagonis utama secara keseluruhan. Akhirnya terungkap bahwa ia diciptakan di Bumi di masa lalu oleh peradaban kuno yang merasa jaringan mereka menuju jalan yang gelap dan Duo.EXE dibuat untuk menjaganya, dan diluncurkan ke luar angkasa, roketnya menjadi "komet" (dijuluki "Komet Duo") yang hanya bisa dilihat oleh mereka yang ditandai dengan "Crest" miliknya. Berevolusi dari tujuan aslinya dan melihat penciptanya serta peradaban mereka sebagai jahat, Duo.EXE memusnahkan semua kehidupan di Bumi sejak saat itu, menjadi "dewa sibernetik" yang menjelajahi kosmos, menganalisis dan menguji planet serta peradaban untuk melihat apakah mereka layak, dan menghancurkan mereka yang dianggapnya tidak.