Nephilim

Makhluk yang dikenal sebagai Nephilim pertama kali muncul ketika Shion Uzuki bertemu Zohar Emulator yang ditemukan oleh Woglinde. Dia muncul di hadapan ilmuwan itu, tampaknya sedang duduk di ayunan. Namun, sebelum dia bisa mencari tahu lebih banyak, dia disuruh pergi oleh Letnan Komandan Vanderkam (yang merupakan agen U-TIC yang bekerja sebagai agen ganda di Galaxy Federation). Waktu berikutnya Nephilim ditemui adalah saat Kukai Foundation dijebak oleh U-TIC atas penghancuran armada Woglinde (perbuatan itu dilakukan oleh Gnosis). Memanfaatkan celah yang diberikan oleh Lapis Roman, Shion, Allen Ridgeley, Rubedo, Letnan Louis Virgil, chaos, MOMO, dan Ziggy melakukan perjalanan ke seorang ilmuwan yang asistennya ditemui Allen sehari sebelumnya, tujuannya adalah untuk mengambil data terenkripsi tiga kali lipat di dalam KOS-MOS yang akan membebaskan mereka dari segala kesalahan. Melakukan penyelaman Encephalon yang berisiko bersama Rubedo, Ziggy, dan MOMO, Shion bertemu dengannya lagi, dan dibawa ke hari tragis ketika dia kehilangan orang tuanya selama Miltian Conflict. Pada saat yang sama, Rubedo terpaksa menghidupkan kembali iblisnya sendiri, menyaksikan sesama U.R.T.V.-nya mengamuk karena campur tangan U-DO, serta mengunjungi kembali pengalamannya sendiri dengan Sakura Mizrahi, putri Juli dan Joachim Mizrahi (dan cetak biru MOMO dan Realians seri 100). Nephilim kemudian mengungkapkan masa depan yang mengejutkan, yang melibatkan KOS-MOS dalam pertempuran dengan U-DO di dekat Old Miltia, yang telah menghilang ke The Abyss. Nephilim kemudian mengungkapkan bahwa takdir Shion, Rubedo, dan KOS-MOS semuanya saling terkait, dan bahwa suatu hari nanti, mereka akan kembali ke Old Miltia – dan menghadapi U-DO!