Dalam sebuah peperangan, sekelompok ksatria bernama Ninku bertarung melawan Pasukan Kekaisaran dan hampir memusnahkan mereka. Namun pada akhirnya, Ninku kalah dan tercerai-berai. Setelah perang usai, Pasukan Kekaisaran mengukuhkan diri mereka sebagai pelindung rakyat dengan bantuan propaganda. Mereka juga berhasil membuat masyarakat menganggap Ninku sebagai penjahat yang memulai peperangan tersebut. Fusuke terlihat seperti anak kecil, namun ia adalah mantan kapten divisi pertama Ninku. Ibunya diculik selama perang dan setelah Ninku dikalahkan, ia melakukan perjalanan untuk menemukannya. Dalam perjalanannya, ia bertemu dengan Aicho dan Touji yang keduanya juga mantan kapten Ninku, dan bersama-sama mereka bertarung melawan Pasukan Kekaisaran yang berusaha menghabisi sisa-sisa Ninku yang masih ada.
Ninku adalah klan ninja yang dianggap sudah punah yang menguasai teknik-teknik esoteris dan kuat, sehingga banyak kelompok lain yang terus berusaha mencuri teknik mereka untuk menguasai negara. Target utama mereka adalah Fusuke, bocah berpenampilan aneh namun merupakan salah satu ninja Ninku yang paling kuat. Fusuke, bersama dengan ninja Ninku lainnya yang memiliki berbagai spesialisasi, harus melawan ancaman yang menyebabkan runtuhnya klan Ninku.
Wah, Fusuke-kun meskipun penampilannya unik ternyata kapten yang hebat banget ya, Yuno jadi ikut semangat mendukungnya nyaa~ (๑>ᴗ<๑)