Koukaku Kidoutai: Stand Alone Complex 2nd GIG

Setelah kasus "Laughing Man" ditutup, Section 9 didirikan kembali oleh Perdana Menteri Jepang yang baru terpilih, Youko Kayabuki, untuk memerangi ancaman terorisme siber yang terus-menerus. Sebuah kelompok yang menamakan diri "The Individual Eleven" telah mulai melakukan aksi teror di seluruh Jepang. Sementara Motoko Kusanagi, Daisuke Aramaki, Batou, dan anggota Section 9 lainnya menyelidiki ancaman baru ini, pemerintah Jepang menghadapi krisis terpisah, karena pengungsi asing yang terlantar akibat Perang Dunia Ketiga mencari suaka di Jepang. Namun, saat anggota tim operasi khusus itu terus-menerus bertemu Gouda Kazundo—seorang anggota terkemuka dari Cabinet Intelligence Service—dalam penyelidikan mereka, mereka mulai curiga bahwa dia mungkin terlibat, dan bahwa peristiwa krisis pengungsi serta The Individual Eleven mungkin lebih terhubung dari yang mereka sadari...