Tsuki wa Higashi ni Hi wa Nishi ni: Operation Sanctuary

Naoki Kuzumi, seorang siswa kelas dua SMA, kehilangan kedua orang tuanya dalam sebuah kecelakaan lima tahun yang lalu, dan kini tinggal bersama bibi, paman, serta sepupunya, Matsuri. Dia selalu menganggap hidupnya biasa-biasa saja, di samping fakta bahwa dia tidak dapat mengingat apa yang terjadi di masa kecilnya. Suatu hari yang cerah saat dia sedang tidur siang di bangku taman, seorang gadis berambut merah bernama Mikoto benar-benar jatuh menimpanya dari langit. Karena suatu alasan, gadis itu mengira Naoki adalah adik laki-lakinya. Era waktu Naoki ternyata merupakan tempat perlindungan temporal bagi mereka yang berasal dari masa depan, di mana saat itu banyak orang menderita penyakit yang tidak dapat disembuhkan. Ketika mendengar adik laki-lakinya, Yuusuke, telah dibawa ke masa Naoki, Mikoto pun memutuskan untuk pergi melintasi waktu ke masa lalu.