Pada tahun Universal Century 0096, tiga tahun setelah upaya Char Aznable yang gagal untuk memaksa migrasi manusia ke luar angkasa, kehidupan terus berlanjut di koloni-koloni yang mengorbit Bumi. Salah satu koloni tersebut, di Side 4, adalah rumah bagi Banagher Links, seorang remaja 16 tahun yang menjalani kehidupan tenang di antara teman-teman sekelasnya.
Audrey Burne, keturunan terakhir dari keluarga tiran yang hebat, bertekad untuk mencuri kunci perangkat misterius yang dikenal sebagai "Laplace's Box." Dikatakan bahwa Kotak tersebut memiliki kekuatan untuk membentuk jalannya alam semesta, dan Audrey melakukan perjalanan ke Side 4 dalam upaya untuk mengambilnya dari pemegang saat ini dan menjauhkannya dari Sleeves, sisa-sisa Neo-Zeon milik Char Aznable yang masih bertahan. Dalam pencariannya, dia bertemu Banagher dan mengubah hidupnya selamanya.
Ketika Side 4 diserang oleh Sleeves dan para petarung ulungnya, Marida Cruz dan Full Frontal, Banagher mengambil kendali Gundam Unicorn yang baru dibangun untuk membela teman-temannya dan melindungi nasib umat manusia.
Wah, kisah Gundam ini seru banget ya, ada kotak misterius dan robot keren yang harus dilindungi! Nyaa~ (´｡• ω •｡`)
