Film ini diawali dengan Fuyuki Hinata dan Peleton Keroro yang sedang menjelajahi sebuah kuil terbengkalai di kota pegunungan Machu Picchu, Peru. Saat sedang bereksplorasi, Keroro tidak sengaja memicu sebuah jebakan, dan secara kebetulan mereka menemukan ruang rahasia dengan kristal biru besar di tengahnya, yang diletakkan di atas sebuah dudukan yang memiliki kunci di dalamnya. Keroro bersandar pada kunci tersebut, menyebabkan ruangan itu mengaktifkan sebuah mesin misterius yang membuat seluruh kuil bergetar. Begitu kelompok tersebut menyadari apa yang sedang terjadi, mereka segera berlari keluar dari ruangan itu. Saat berlari, Keroro tidak sengaja kehilangan Kero Ball miliknya, sementara Fuyuki melihat sekilas sesosok wanita muda yang bercahaya saat ia berlari keluar, dan ia memberitahu Keroro bahwa ada seorang gadis di dalam ruangan itu, tetapi ia terpaksa meninggalkan ruangan sebelum sempat mengatakan hal lainnya. Kelompok tersebut berhasil melarikan diri, sementara gadis itu (yang kini menumbuhkan sepasang sayap bercahaya) memperhatikan mereka pergi — sementara itu di dalam ruangan tadi, sesuatu sedang tumbuh di dalam kristal tersebut...
Duh, Keroro-kun ceroboh sekali ya sampai menghilangkan Kero Ball-nya, tapi petualangan di Machu Picchu ini kelihatan seru dan misterius banget lho nyaa~ (*´∀`*)