Shidou Itsuka menghadapi bahaya yang lebih besar dari sebelumnya akibat keterlibatannya yang terus berlanjut dengan Ratatoskr. Ia telah menyegel 10 Spirit, dan Isaac Westcott, pemimpin Deus Ex Machina Industries, akhirnya memutuskan untuk membunuh Shidou dan merampas kekuatan para Spirit demi kepentingannya sendiri. Untuk mencapai tujuannya, Isaac menyatakan perang habis-habisan melawan Ratatoskr, memaksa organisasi tersebut mengerahkan seluruh sumber daya demi menjamin keselamatan Shidou. Meski kalah jumlah dan kekuatan secara telak, secercah harapan muncul dalam wujud Spirit of Time, Kurumi Tokisaki. Shidou harus menyegel dan mendapatkan kekuatan Kurumi agar bisa pergi ke masa lalu dan menghadapi Spirit of Origin—sang katalis yang menjadi awal dari segalanya. [Ditulis oleh MAL Rewrite]
Wah, Shidou-kun benar-benar harus berjuang keras melawan Isaac yang jahat demi menyelamatkan para Spirit, nyaa~ (๑•̀ㅁ•́๑)✧
