Suatu hari dalam perjalanannya ke sekolah, Suzume Iwato berpapasan dengan Souta Munakata, seorang pemuda yang sedang mencari area terbengkalai. Gadis SMA tersebut mengarahkan Souta ke sebuah reruntuhan terdekat, namun karena rasa penasaran yang murni, dia sendiri memutuskan untuk menuju ke tujuan yang sama.
Sesampainya di sana, Suzume menemukan sebuah pintu terisolasi dengan alam semesta seperti mimpi yang terbentang di baliknya—sebuah tempat yang bisa dia lihat dan rasakan, namun tidak bisa dia masuki. Sebuah batu aneh terletak di tanah di dekatnya, tetapi batu itu berubah menjadi makhluk seperti kucing dan lari menjauh saat Suzume mengangkatnya. Tiba-tiba merasa takut, dia bergegas kembali ke sekolahnya, tanpa menyadari bahwa tindakannya membiarkan pintu itu terbuka akan mendatangkan konsekuensi.
Dengan terlepasnya "keystone" (batu kunci), kejahatan di dalam alam semesta lain tersebut kini dapat bebas keluar dan menimbulkan kekacauan di seluruh Jepang. Berniat untuk memperbaiki kesalahan berbahayanya, Suzume bergabung dengan Souta—yang tujuan aslinya adalah untuk mencegah kejahatan merajalela—dalam menemukan dan mengunci semua pintu yang terbuka sebelum negara tersebut hancur.
[Ditulis oleh MAL Rewrite]
Perjalanan Suzume mengunci pintu-pintu ajaib ini sangat mendebarkan dan bikin baper sekali nyaa~ (≧◡≦)