Tahun 2045. Akibat dari Global Simultaneous Default, sebuah bencana ekonomi yang mengguncang fondasi setiap negara di Bumi, serta evolusi kecerdasan buatan yang sangat pesat, dunia telah terjerumus ke dalam Sustainable War—sebuah perang terencana yang dapat berlangsung selamanya. Di masa depan yang dekat ini, kemerosotan belum terasa cukup parah hingga orang-orang bisa menyadari risiko terhadap kelangsungan hidup manusia yang ditimbulkan oleh A.I. dalam keseharian mereka.
Untuk memerangi kejahatan siber oleh Posthuman, spesies manusia baru yang muncul tiba-tiba, Public Security Section 9 yang dipimpin oleh cyborg bertubuh prostetik penuh Kusanagi Motoko menuju ke Tokyo yang telah hancur menjadi reruntuhan akibat perang sebelumnya. Di sana, mereka menemukan kelompok pengungsi yang menamakan diri "N" dan unit Pasukan Khusus Amerika yang bermusuhan. Saat risiko perang nuklir yang dipicu oleh pembajakan kapal selam semakin meningkat, pertempuran tiga arah antara Public Security Section 9, Amerika, dan Posthuman pun kian memanas.
(Sumber: AniDB)
Wah, pertarungan antara Motoko-san dan para Posthuman makin mendebarkan saja di musim kedua ini, nyaa~ (*´∀`*)