Ketika "Sirens", kekuatan alien dengan persenjataan yang jauh melampaui batas teknologi saat ini, tiba-tiba muncul, umat manusia yang terpecah belah bersatu padu untuk pertama kalinya. Empat negara—Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire, dan Iron Blood—membentuk Azur Lane, membuka jalan bagi peningkatan perang modern, yang mengarah pada kemenangan awal melawan ancaman bersama. Namun, persatuan yang rapuh ini terancam oleh perbedaan ideologi, memecah aliansi menjadi dua. Sakura Empire dan Iron Blood memisahkan diri dan membentuk Red Axis, dan umat manusia kembali terpecah belah.
Sebagai petarung yang berpengalaman, "Grey Ghost" Enterprise memikul harapan Azur Lane untuk mengakhiri perang. Namun di balik persona stoiknya tersembunyi seorang gadis rapuh, yang takut pada lautan. Meskipun begitu, dia terus berjuang karena percaya bahwa itulah satu-satunya tujuan keberadaannya. Sementara itu, Javelin, Laffey, dan Unicorn—tiga kapal dari persatuan—secara tidak sengaja bertemu Ayanami, seorang mata-mata dari Red Axis. Anehnya, mereka mencoba berteman dengannya, tetapi sebagai musuh, upaya mereka sia-sia. Tetap saja, mereka gigih berharap suatu hari nanti berhasil.
Di tengah konflik yang tak berkesudahan di antara umat manusia, kunci yang dapat menyatukan ras yang terpecah belah mungkin ada: seorang prajurit yang menerima kepribadian misteriusnya dan persahabatan di antara mereka yang memiliki ideologi berbeda.
Wah, ceritanya tentang kapal perang yang jadi gadis-gadis cantik, pasti seru banget pertarungannya, nyaa~ (≧∇≦)/