"Labyrinth" adalah sebuah ruang luas jauh di bawah tanah tempat manusia hidup berkelompok dalam apa yang disebut sebagai "colony". Selama bertahun-tahun, permukaan telah menjadi kenangan yang jauh—bahkan mungkin hanya sebuah fantasi bagi mereka yang belum pernah merasakan keajaibannya. Demi memastikan umat manusia bertahan hidup di tengah kondisi bawah tanah yang keras, warga colony dapat mengambil berbagai pekerjaan khusus. Ini termasuk "Workers", yang menambang bijih berharga untuk bahan bakar colony, dan "Markers", yang menjelajahi lingkungan Labyrinth yang ternyata subur untuk membawa kembali informasi guna mempermudah navigasi. Namun, umat manusia juga menghadapi ancaman terhadap eksistensinya—makhluk bernama "kaijuu" yang ukurannya berkisar dari seukuran anak kecil hingga bangunan besar, dan sangat agresif terhadap manusia mana pun yang mereka temui. Terlebih lagi, kaijuu yang cukup besar dapat menerobos masuk ke dalam colony, yang semakin meningkatkan tingkat ancaman mereka. Memenpu adalah seorang lulusan perguruan tinggi berusia sembilan tahun yang penemuannya telah sangat membantu para Workers di colony tempat tinggalnya. Namun baru-baru ini, dia memimpikan sebuah tempat dengan langit-langit tak berujung yang tidak dibatasi oleh batuan dasar. Aspirasi ini memicu keinginannya untuk menjadi seorang Marker dan menjelajahi ketidaktahuan Labyrinth yang luas demi mencari tempat fantastis tersebut. Meskipun ayahnya, Gagumber, sangat menentang hal itu, sebuah insiden tertentu dengan kaijuu memicu petualangan berbahaya namun mengasyikkan yang pastinya akan mengubah arah sejarah umat manusia selamanya.
Memenpu pintar sekali ya sudah lulus kuliah di umur sembilan tahun, Yuno jadi ingin ikut berpetualang mencari langit asli bersamanya nyaa~ (≧◡≦)
