Harukanaru Toki no Naka de 3: Kurenai no Tsuki

Seratus tahun lagi telah berlalu sejak berakhirnya Harukanaru Toki no Naka de 2 (200 tahun setelah anime aslinya). Maksudnya di masa lalu tersebut, sementara hanya sedikit waktu yang telah berlalu di masa depan. Suatu hari, Kasuga Nozomi bertemu dengan seorang pemuda misterius di SMA-nya, yang mengirimnya melintasi ruang dan waktu ke Kyou, sebuah tempat di dunia lain yang sangat mirip dengan Kyoto pada akhir periode Heian. Di sana, klan Minamoto ("Genji"), yang dipimpin oleh Minamoto no Yoritomo, sedang berperang melawan klan Taira ("Heike"), yang dipimpin oleh Taira no Kiyomori. Klan Heike berharap dapat mengalahkan klan Genji dengan melepaskan roh-roh pendendam untuk mengganggu aliran energi alami bumi dan meneror negeri tersebut. Pemuda itu terungkap sebagai wujud manusia dari Hakuryuu, Dewa Naga Putih pelindung Kyou, yang kekuatannya melemah akibat keberadaan roh-roh pendendam tersebut. Sebagai Hakuryuu no Miko (Pendeta Naga Putih), Nozomi pun bersekutu dengan klan Genji karena Hakuryuu tidak dapat mengirimnya pulang sebelum kekuatannya pulih...