Ketika tragedi hampir menimpa, Satoru Fujinuma mendapati dirinya terlempar kembali ke beberapa menit sebelum kecelakaan tersebut terjadi. Mangaka berusia 29 tahun yang cenderung menutup diri ini telah memanfaatkan fenomena kuat sekaligus misterius yang ia sebut sebagai "Revival," untuk menyelamatkan banyak nyawa.
Namun, ketika ia dituduh secara tidak adil atas pembunuhan seseorang yang dekat dengannya, Satoru kembali dikirim ke masa lalu, namun kali ini ke tahun 1988—18 tahun silam. Segera, ia menyadari bahwa pembunuhan tersebut mungkin berkaitan dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang penyendiri dan misterius, yang terjadi saat ia masih kecil. Ini adalah kesempatannya untuk memperbaiki keadaan.
Boku dake ga Inai Machi mengikuti Satoru dalam misinya untuk mengungkap apa yang sebenarnya terjadi 18 tahun lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya, sembari tetap melindungi orang-orang yang ia sayangi di masa sekarang.
Perjuangan Satoru untuk menyelamatkan Kayo lewat kemampuan Revival-nya benar-benar bikin hati tersentuh sekaligus deg-degan, nyaa~ (*´∀`*)