Pada tahun 2201, setahun setelah Yamato menyelamatkan Bumi dari pencemaran radioaktif, sebuah ancaman baru muncul. Yamato pun menempuh perjalanan terakhirnya demi menyelamatkan Bumi dari bahaya tersebut. Kondisi Bumi hampir pulih sepenuhnya dari pertempuran melawan Gamilus, dan proses rekonstruksi telah meluas hingga ke planet-planet lain. Saat mantan anggota kru Yamato menemukan sebuah pesan misterius yang terdistorsi dan tampak berasal dari sebuah komet putih yang mengarah ke Bumi, mereka membajak benteng luar angkasa lama mereka untuk memulai pertempuran yang baru.
Perjalanan terakhir kapal Yamato yang sangat legendaris ini benar-benar penuh keberanian dan bikin Yuno-chan bangga, nyaa~ (*´∀｀*)
