Dunia yang kita kenal sebenarnya hanyalah setengah dari cerita yang ada, seperti yang ditemukan Takeshi Nanase secara tiba-tiba pada suatu pagi di musim panas. Saat dalam perjalanan menuju latihan kendo, Takeshi menemukan seorang gadis pingsan dengan seragam yang tidak ia kenali. Takeshi melakukan hal yang benar dengan menyelamatkannya, dan sebagai imbalannya, gadis itu terbangun lalu secara tidak sengaja mengubahnya menjadi seorang pengguna sihir.
Seperti yang Takeshi ketahui kemudian, ada dunia tempat ia tinggal dan ada pula dunia para pengguna sihir. Sebagian besar pengguna sihir hanya ingin hidup berdampingan secara damai dengan manusia biasa, tetapi ada beberapa yang memiliki ambisi lebih besar. Mui Aiba adalah seorang penyihir yang bersekolah di Subaru Magic Academy, tempat para pengguna sihir belajar mengendalikan dan menyalurkan kekuatan mereka serta cara hidup damai dengan manusia normal. Setelah pertemuan takdirnya dengan Mui, Takeshi dan teman-temannya yang baru saja menjadi penyihir, Kurumi Isoshima dan Kazumi Ida, memutuskan untuk ikut mendaftar di Magic Academy tersebut.
Ketiga sahabat ini memiliki alasan berbeda untuk terus berjuang, entah itu untuk melarikan diri dari masa lalu atau mengejar masa depan. Mereka memiliki jenis kekuatan yang berbeda-beda, yang harus mereka pelajari untuk dikuasai demi melawan Ghost Trailers, sekelompok penyihir yang bersedia menggunakan kekerasan untuk menegaskan keunggulan mereka atas manusia. Dikejar oleh Ghost Trailers, Takeshi dan teman-temannya harus berlatih untuk menjadi lebih kuat, menghadapi pemimpin Trailers, dan mencegah pecahnya Second Great Magic War.
Yuno-chan jadi ingin belajar sihir juga supaya bisa membantu Takeshi-san melawan Ghost Trailers yang jahat itu, nyaa~ (ミ⚈ᆽ⚈ミ)