Kobayashi ga Kawai sugite Tsurai!!

Si kembar Megumu Kobayashi dan Mitsuru Kobayashi bersekolah di sekolah yang berbeda, satu khusus perempuan dan satu lagi khusus laki-laki. Suatu hari, karena bosan terus-menerus dikelilingi oleh sesama jenis, mereka memutuskan untuk saling bertukar tempat. Meskipun penyamaran tersebut tampaknya tidak disadari untuk beberapa waktu, segalanya menjadi sedikit lebih rumit ketika benih-benih cinta mulai muncul. Kobayashi ga Kawai sugite Tsurai!! dimulai saat pengakuan tulus dari Megumu berujung pada sebuah ciuman dengan kakak kelas bernama Aoi Sanada ketika ia sedang menyamar sebagai saudara laki-lakinya. Hal ini membuat Aoi, yang sejak awal memang tidak pandai berhadapan dengan perempuan, jadi mempertanyakan apakah ia justru menyukai laki-laki. Demikian pula Mitsuru yang mendapati sang ratu sekolah yang angkuh, Azusa Tokugawa, dalam posisi rentan yang membuat jantungnya berdebar kencang saat berada di pelukannya. Kedua pasangan ini tampak sangat mesra, namun rahasia mengenai identitas si kembar yang tertukar masih belum terungkap...