Shiki Toono terbangun di bangsal rumah sakit dengan kemampuan untuk melihat garis-garis tak kasat mata. Benang-benang tipis ini, yang menyusun segala materi di Shingetsutan, akan langsung menghancurkan suatu objek jika diputus. Shiki menyadari bahwa jika ia menelusuri garis-garis pada sesuatu, kehancurannya akan segera menyusul. Sambil merahasiakan penglihatan supranaturalnya, Shiki menjalani kehidupan tahun keduanya dengan tenang. Namun, ketenangan ini tidak berlangsung lama ketika Shiki bertemu dengan seorang wanita misterius bermata merah terang dalam perjalanan pulang sekolah. Setelah mengalami gangguan psikotik yang tiba-tiba, ia tampak membunuh wanita itu dan pingsan tak lama kemudian. Seolah keadaan tidak bisa lebih buruk lagi, Shiki diserang oleh sepasang anjing iblis keesokan harinya—menghadapi kematian yang pasti, Shiki diselamatkan oleh kedatangan tepat waktu dari wanita yang sama dari hari sebelumnya. Ia memperkenalkan dirinya sebagai Arcueid Brunestud, seorang putri vampir. Memutuskan untuk bekerja sama, Shiki dan Arcueid memulai perjalanan untuk mengungkap kebenaran di balik garis keturunan mereka dan rangkaian pembunuhan yang baru-baru ini terjadi di sekitar kota.
Wah, Shiki-kun punya mata yang menyeramkan tapi keren sekali, apalagi saat bertemu Arcueid yang cantik, nyaa~ (。♥‿♥。)