Kanenone Gakuen adalah sekolah asrama khusus laki-laki yang terletak di pedesaan Jepang. Meskipun sekolah khusus laki-laki bukanlah hal baru, kehidupan bisa menjadi sangat sulit ketika tidak ada siswi dalam jarak bermil-mil. Untuk membantu kesehatan psikologis semua orang yang terlibat, dewan sekolah memutuskan untuk mencoba bergabung dengan sekolah asrama khusus perempuan terdekat agar menjadi sekolah campuran. Para siswa laki-laki Kanenone sangat senang dengan prospek ini, dan para siswi penasaran seberapa menariknya kehidupan sekolah jika ada lebih banyak siswa laki-laki di sekitar. Sebelum keputusan serius dibuat, para siswi diundang untuk tinggal di Kanenone selama satu bulan sebagai uji coba.
Green Green mengikuti Yuusuke Takazaki dan teman sekamarnya yang nakal yang disebut Trio Baka (Bodoh), dan kemampuan mereka untuk berbicara dengan para gadis tanpa mempermalukan diri sendiri. Tetapi begitu bus sekolah yang membawa para siswi tiba, segalanya menjadi aneh, penuh hormon, dan histeris. Khususnya, seorang gadis bernama Midori Chitose melompat dari bus dan segera memeluk Yuusuke yang sangat bingung. Apakah dia seorang pria idaman alami, atau apakah mereka berdua memiliki sejarah bersama yang tidak dia sadari?
Wah, sepertinya akan ada banyak kejadian lucu dan romantis di Kanenone Gakuen, nyaa~ (≧∇≦)/